1. function grafica = grafica (X1,Y1,r)
2. grafica =input(' digite el centro de su circulo ' X1,Y1);
3. input(' digite el radio'r);
4. x=X1+r*cos(fi); y = Y1+r*sin(fi);
5. plot(X1,yc,'x',x,Y1);
6. title ('SU CIRCULO ');
LINEA 1. El error es que no puedes tener el mismo nombre tanto el nombre de la función y el argumento de salida de la función, en tu código ambos tienen mismo nombre de "grafica".
LINEA2. El error esta que estas usando la variable "grafica" donde vas a guardar lo que vas a leer por el teclado, pero "grafica" es el nombre de la función y por eso es un error hacerlo de esa forma. Además en la línea 2, tanto el texto X1, Y1 están fuera del texto por lo tanto hay otro error allí.
LINEA 3. Usas la función input() para leer datos desde te teclado, pero no estas guardando a ningún variable lo que estas leyendo y por lo tanto eso también es un error, además hay otro error en línea 3, que el texto r esta fuera del apostrofe y ese es un error.
LINEA 4. El algulo "fi", no ha sido definido anteriormente pero sin embargo ya estas usando en este línea y eso es otro error.
LINEA 5. Dentro del plot usas la variable yc, pero sin embargo no haz definido y allí hay otro error.
LINEA 6, En esta línea no hay error.
Bueno dices q no encuentras error, pero yo encontrado muchos errores en tu código.
RECOMENDACIONES MUY IMPORTANTE:
Debes tener una secuencia de estudio de matlab, empezando desde lo mas elemental y luego seguir con temas mas avanzados. Además supongo que ya habrás leído mis recomendaciones de la forma de estudiar matlab, cuyo link siempre pongo en cada pregunta que contesto. Muchos usuarios no leen esa recomendación y se me meten a programar en matlab a la guerra, olvidándose que hay una secuencia para aprender. Las recomendaciones que pongo en el foro son muy importantes, ya que esas recomendaciones han salido de estudiar y programar en Matlab por mas de 12 años.
Saludos. 
JOSE JEREMÍAS CABALLERO
Asesorías en Matlab
programador en matlab
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http://www.lawebdelprogramador.com/foros/Matlab/1371532-FORMA_DE_APRENDER_MATLAB.html