No se si habrá ese comando en matlab, pero se puede hacer un programa para tu pregunta.
Usa dos ciclos iterativos anidados, el primer ciclo iterativo lo fijas y haces variar el segundo ciclo iterativo interno, de esa manera vas comparando columna de la primera matriz con todas las columnas de la segunda matriz, y si son iguales haces un intercambio de columnas en la segunda matriz, luego sales con un comando que rompe los bucles y sigues analizando con la segunda columna de la primera matriz con todas las columnas de la segunda matriz... así sucesivamente con los demás columnas.
Al fina comparas los dos matrices resultante usando una condicional y así puedes deducir si son iguales o no las dos matrices.
Saludos. 
JOSE JEREMIAS CABALLERO
Asesor de Proyectos con Matlab
programador en matlab
Servicios de programación matlab
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