Matlab - ejectuar el mismo programa varias veces

Hola! A ver si me explico bien.
Estoy haciendo un pograma con el guide de matlab, y me gustaría poder ejecutarlo varias veces independientemente. Como por ejemplo el figure: figure (1), figure (2), etc llevo meses con ello y no doy avanzando, espero que alguien me pueda ayudar.
Gracias de antemano!

¿Qué te gustaría repetir, todo el programa o un segemento del programa?
¿De qué depende la repetición?
¿Cuántas veces hay que repetir?

Hola Kike! En primer lugar muchas gracias.
Y ahora te explico, tengo un pogramilla con unos axes, y abro una imagen, y después tengo un menú para apilcarle a esa imagen un filtro, pues lo que querio es que se vuelva abrir una ventana exactamente igual, pero con la imagen con el filtro aplicado, y conservar la original. Así podría trabajar con ambas, pero si aplico otro filtro a la segunda, pues que se abra una tercera, y así sucesivamente, así q pretende repetirse todo lo que se quiera.
De manera muy chapucera, copié el mismo código y lo llamé d otra manera, y funciona, pero eso no es muy optimo, pq no voy a tener mi codigo 100 veces ...
Espero que me hayas entendido ahora. Muchas gracias de nuevo!

Deberías tener en la GUI un botón que se llame filtrar (o algo así).

Fuera del callback del botón:
Deberías crear un arreglo de celdas vacío donde almacenar las imágenes que se vayan filtrando. Debe ser una variable global y podría ser creado en la Opening_Function de tu GUI. Por ejemplo:
global fotos
imagenes = { };

En el callback del botón para filtrar:
- si el arreglo de celdas está vacío entonces agregarle la imagen original.
- aplicar el filtro al último elemento del arreglo de celdas.
- almacenar la imagen filtrada como último elemento del arreglo de celdas.
- abrir otra ventana para graficar, es decir:
figure; % nueva ventana
- graficar el último elemento del arreglo de celdas, es decir la imagen que se acaba de filtrar.
- opcionalmente podrías almacenar el arreglo de celdas como un archivo de tipo mat con el comando save, así estaría disponible para utilizarse en otro programa.

Hola Kike! Esta semana estuve ocupada con otro trabajillo, así que aun no había podido ponerme de nuevo con esto.
El caso es que lo resolví de otra manera, mucho más fácil. Aunq no sé si me habías entendido bien, bueno lo pongo:
Solo tenía que haber ido a las opciones del guide

Tools
-GUI Options

y desmarcar la opción de

GUI allows only one instance to run (singleton)

Al descubrir esto me sentí un poco tonta de todo el tiempo perdido ya q era una chorrada :S
Muchas gracias por ayuda de todas formas!