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Primero que nada: Hola, espero que puedan ayudarme. Son 2 cosas:

1.- Alguien sabe como instalar LILO para que la unidad EXT3 (Peanut LINUX) sea booteable, sin tener que remplazar el Boot de Windows ME.

2.- Existe algun archivo tipo "autoexec.bat" que carge comandos al inicion de Windows? Cual es?

La verdad no entendi bien, o mejor dicho no das muchos detalles.

1) Necesitas instalar lilo y /boot antes del cilindro 1024 de tu disco duro sino no se hasta donde te va a andar el booteo dual.
La partición boot puede ser del tamaño que desees. Pequeña (7.8 MB) si no te interesa experimentar con kerneles. O bien grande (hasta 50 MB) si vas a experimentar con varios kernels.

2) Supongo que quisiste poner autoexec.bat para Gnu/Linux... y no se que es lo que realmente quieres correr.
Podrian ser /etc/bashrc o /home/su_home/.bashrc definen varibles de entorno y cambian el Path, entre otras cosas... please se mas especifico... otros podria ser /etc/rc.d/ pero OJO si no sabes lo que haces.

Saludos.

No se por que no quieres borrar el inicio de Windows, pero ...
lo que podrias hacer es instalar tu lilo en /dev/hda3 (si es que te entendi bien). Edita tu archivo /etc/lilo.conf y al principio -casi siempre- viene la directiva de donde instalarlo, no se te olvide correr lilo, AH! y haz bootable la particion (3 en este caso), con el fdisk, creo que la opcion es 't' no recuerdo bien.

Y el archivo que muchas distribuciones ejecutan al iniciar es el rc.local, usualmente en: /etc/rc.d/