Linux - conectar java con mysql

Hola!
He hecho una aplicacion en java y la estoy intentando probar en linux pero no se como puedo poner esa base de datos como origen de datos igual que en windows para que cuando abra el programa use dicha base de datos. Estoy usando Ubuntu y estoy empezando tambien por lo menos he conseguido instalar mysql que algo es algo, ¿Me podriais ayudar?
Gracias