SI, con FDISK puedes eliminarlas... solo tienes que selecionar las opciones correctas...
Primero cambiar la unidad, al HD que en teoria tenia Linux... despues eliminar particiones que no sean de DOS que creo que era las opciones 3 y 5 creo... NO ME ACUERDO...
PERO A CIENCIA CIERTA CON FDISK SE PUEDE BORRAR..