Linux - Cambiar lilo de particion

Hola, tengo instalado actualmente el /boot en una particion primaria. Mi idea es pasarlo a una unidad logica para asi en la particion primaria instalar windows 2000. Probe cambiarlo con el administrador de LILO, pero no me copia todos los archivos y cuando vuelvo a bootear la maquina se cuelga en "iniciando linux". Y si abro el supuesto /boot nuevo solo hay una carpeta, la "lost+found". Como puedo hacerlo de otra forma?
Gracias