Linux - Problemas de rebooteacion

En un floppy he metido todo lo necesario para que sea una especie de minilinux, al arrancar entra en modo monousuario y un programita es ejecutado, al finalizar dicho programa llama a init pansandole 0 como nivel de ejecucion (o sea, init 0) para detener el sistema, y lo unico que se supone que debe hacer es shutdown -r now, pero en vez de que haga eso aparece un mensaje que dice:
You don't exist. Go away.
y se queda ahi y ya no rebootea, me han dicho que es por que le falta la entrada de root en el passwd, se lo puse y no funciono, hasta comprobe que el passwd estuviera bien con el pwck y no me dio ningun error, tambien le puse la misma entrada en shadow y no funciona. Ayuda por favor.

Cuando te dice "You don't exist, Go away" es porque en el archivo de passwd no hay una entrada correspondiente a root, o al passwd del mismo.

intenta entrando (si usas LILO) pasandole como parámetros: 'linux single' al momento que te salga Boot: y una vez que entres en el sistema verifica el archivo /etc/passwd y ve si hay una entrada correspondiente a root, y si la hay haz lo siguiente para que cambies el passwd de root:

passwd root

El te va a preguntar por el passwd nuevo, reinicia normal.

Ya le puse la entrada de root en el passwd, lo verifique con pwck y sigue saliendo el mensajito ese, ademas no uso LILO, porque lo que estoy haciendo debido a su naturaleza tiene que arrancar directamente.