JavaScript - ventana emergente

hola a tod@s,
tengo una página que da de baja un producto que previamente se selecciona de una tabla.
El procedimiento es:
paginaAplicacion-->muestra todos los productos en una tabla,se selecciona uno y se da botón borrar
mensajeEmergente-->aparece un mensaje"se ha dado de baja el producto".Se mantiene en pantalla hasta dar a "Aceptar".

el problema es q el mensaje aparece y por detrás va refrescandose la paginaAplicacion esto provoca el error:"No se puede ejecutar codigo de una secuencia de comandos liberada" que solo se ataja poniendo un alert (supongo q xq hace para el refresh) entre el .open() del mensaje y el .event() que me devuelve a la paginaAplicacion ya refrescada.

Existe alguna manera de que la página no se cargue hasta que el usuario acepte el mensaje? y es posible hacerlo donde meto el alert de prueba?

gracias por adelantado

no he entendido muy bien como tienes distribuido el código.

Asi que supongo que el boton borrar es un link a una fnc javascript. En este caso lo primero que pones en esa función es el alert, luego refrescas la página

Si el boton te lleva a un servlet, entonces antes de ir al servlet (de hacer el submit), tienes que hacer el alert.

Si esto no te sirve, por favor explica un poco mas tu pregunta, sobre todo la forma en la que lo tienes hecho