JavaScript - Problema al enviar un formulario

Hola, tengo un pop-up en html que lo unico que hace mediante javascript es llamar a un programa de una aplicacion. El problema es que si tengo abierta dos veces la aplicacion, cuando el pop-up llama al programa, este no sabe donde se tiene que ejecutar. Alguien me podria dar una pista de como averiguarlo.
Gracias.