JavaScript - Codificación de variables

Estoy pasando a un PopUp (o venta emergente) las variables de un formulario por medio de la cadena URL, pero tengo el problema de que las pasa exactamente a como se escribieron en el formulario y cuando escribo algún dato con acentos o algunos otros caracteres especiales el PopUp no marca un error interno del servidor.

Cómo puedo codificar los datos de las variables y mandar los valores codificados en la cadena URL???

y depués cuando el PopUp los reciba, sean nuevamente regresados a su valor original (o decodificados).

Espero haberme explicado...

De antemano gracias.