JavaScript - Traspasar una variable de php y un link

tengo el siguiente script

function publicity(user)
{
window.open( "msg.php?user","Pop"," menubar=0, directories=0, resize=0, scrollbars=0, toolbar=0, width=400 ,height=400;");
}

y el valor user se lo paso desde :
<?
echo "<a onClick=publicity($userid)>Send Comments</a>";
?>

Resulta que no me pesca el valor que quiero pasar a la nueva ventana como una variable, QUE DEBO HACER?????

No estas pasando correctamente la variable.
Para pasar variables por url ha de seguirse el formato:
tupagina.php?tuvariable=valor

En el caso que expones no le estas pasando ningun valor.
Lo correcto seria algo asi:
[...]
window.open( "msg.php?user=<? echo "$tuvariablephp";?>","Pop......
[...]

tendras que hacer alguna que otra prueba.
Suerte!