JavaScript - Ventanas con Netscape y Microsoft

Hola, tengo una pagina web que contiene una barra de scroll. Al final de la pagina tengo unos enlaces para abrir una ventana pequeñita para que salga por encima de la principal y que solo ocupe una parte. El problema, es que cada vez que abro la ventana pequeña, la principal se coloca al principio. Alguien sabe como evitar esto ??

Muchas gracias

La solucion puede ser que cuando llames a la nueva ventana, la llames con un frame que no exista. Esto deberia abrirte una nueva ventana dejando la principal detras