JavaScript - Como cierro una ventana???

Tengo una aplicación que se ejecuta vía Internet pero a través de un programa especial que se ejecuta sobre el Navegador aunque no se ven ninguno de los botones del navegador. El tema es que tengo que ejecutar la aplicación a través de una página Web y esta queda abierta hasta que se cierra la aplicación.
Es posible de alguna manera que cuando salgo de mi aplicación se cierre automáticamente esta ventana????