JavaScript - ¿Cómo entiende y procesa JavaScript?

Hola, estoy desarrollando un calculadora a través de JavaScript, y soy algo nuevo. Poco a poco voy entendiendo algunas cosas, pero tengo una duda esencial para comprender el funcionamiento de este lenguaje y que creo que puede ayudar a otros desarrolladores primerizos. Si alguien me puede responder me haría un enorme favor.

No sé si es una pregunta complicada de responder:

En este ejemplo de script que adjunto, una de las variables dentro de la función que se carga al abrir la página con window.onload, es guardar="si".
Más adelante se utiliza para operar y hacer cálculos. Mi pregunta es... ¿Cómo sabe Javascript que esta variable significa que debe almacenar los números que se pulsan, por ejemplo que la variable coma=0 significa que no hay una coma. Cómo relaciona la palabra "guardar" con el acto de guardar la información y cómo relaciona la palabra "coma" con el símobolo "."
¿Alguien me ayuda?
Gracias.

Hola, no queda muy clara tu pregunta. El nombre que tu le des a las variables no determina la acción que estas cumplen en el código al menos para JS, por parte del programador siempre es bueno darle nombres a variables de acuerdo al valor que estas almacenan.
Al definir una variable con el nombre "guardar" no quiere decir que se ejecuta una acción guardar, lo que debes hacer es utilizar las distintas estructuras condicionales, bucles, funciones, etc para que ejecute dicha acción.