Esto yo lo uso muy a mendudo para comparar dos fechas de un formulario llamado "formulario":
function verfechas (){
if (document.formulario.fecha1.value=="nulo") {alert ("Please fill the date\n\nLlene las casillas ´fecha´");return false;}
if (document.formulario.fecha2.value=="nulo") {alert ("Please fill the date\n\nLlene las casillas ´fecha´");return false;}
date1=new Date(document.formulario.fecha1.value);
date2=new Date(document.formulario.fecha2.value);
dat1=date1.getTime();
dat2=date2.getTime();
if (dat1>dat2) {alert ("The second date must be higher than teh first one.\n\nLa segunda fecha debe ser mayor que la primera.");return false;}
return true;
}
El formulario llama a esa función con
<form name="formulario" action="..." onsubmit="return verfechas()">