JavaScript - simulacion de alertas

Estoy intentando simular los metodos alert/confirm de javascript, es decir abrir una ventana que muestre el mensaje y el/los enlaces aceptar/cancelar según el caso, pero no consigo hacerlo correctamente, el problema es que no vuelvo al punto desde el que abrí la ventana.
Alguien sabe una forma de simular estos metodos.?,

Gracias.