Java - problemas con trim() y upperCase

No logro que me funcionen bien los métodos de la clase String, trim() y upperCase(). Leo el texto de un textArea en un applet y lo paso a una variable de tipo String, y al aplicarle a esta los métodos , no funcionan, no hacen nada.¿Por qué puede ser?.

Por lo que explicas me imagino que el problema es la asignación de los valores.
Imagino que debes hacer algo asi:
String cadena = textArea.getText();
cadena.trim().toUpperCase();

Haz esto:
cadena = cadena.trim().toUpperCase();

Ya me dirás como ha ido.