Java - HILOS

estoy haciendo prubas con hilos, pero me encuentro varias cosas.
- el método wait() , no me pausa el hilo.
- el método stop(), funciona pero esta deprecado, por lo que se debiera usar el interrupt(), pero este no hace nada.

Por lo que no me queda otra que parar el hilo con el stop(), pero me esta siendo imposible poner en espera el hilo.

El problema de usar el sleep() es que no se durante cuanto tiempo es necesario "dormir" el hilo, ya que no es por tiempo, sino que necesita una acción para volver a la acción.
Y del suspend(), pasa olimpicamente.
¿Ideas?
¿Alguien sabe los porque?
Gracias

El metodo stop() está deprecado y es conveniente no utilizarlo.
yo lo que suelo hacer es algo así:

...
private boolean seguir= true;

public void run(){
while(seguir){
//algo lo que quiero
}
}

public void parar(){
seguir= false;
}

public void start(){
seguir= true;
}
...

creo una variable booleana para controlar el bucle de la función run(). Cuando quiero parar el hilo, llamo a la funcion parar() y de esta manera se sale del bucle, para volver a ejecutar el hilo, llamo a la funcion start().