Java - problema al depurar con Eclipse

Saludos,
tengo un problema al depurar en eclipse, de un día para otro como que se desconfiguró, porque cuando estoy depurando, me marca líneas comentadas o líneas en blanco. Me dijeron que eso pasa porque los .class tienen puntos de control, y eclipse ocupa dichos puntos para realizar el proceso de depuracion, entonces al no estar sincronizados el debugg lo hace de forma errónea. El problema es que no se como arreglar esto, no se como sincronizar los .class con eclipse. A ver si alguien me puede echar una ayuda con esto, ya que he buscado mucho por la red y no encuentro nada.

Gracias.

Si tiene todo tu proyecto en eclipse, anda a la vista "navigator", ahi encontraras los .class, puedes borrar los que te generen problemas y luego volver a compilarlos con el mismo eclipse.

Si usas algun server, prueba borrando las carpetas temporales que hay para los deploy.

Saludos.