Java - al instalar programa

Hola
Bueno tengo una aplicación que usa unos archivos guardados en una carpeta. Mi pregunta es: yo tengo q crear un cd rom con mi aplicacion(un .jar supongo), y una serie de archivos que serian unos scripts y otros ficheros. ¿La unica forma que tengo para guardar los scripts, es moviendolos yo del cd al ordeandor o habria alguna forma de q al crear el jar tambien vayan estos ficheros y me cree la carpeta directamente?
Gracias