Java - programa linux

Hola!
He hecho una aplicación que gestiona las asignaturas, programas de las asignaturas y scripts de los programas por medio de archivos .bat para windows. Ahora claro, los archivos .bat no funcionan en linux y bueno pos tengo un problema.
A ver mi aplicación por ejemplo le das la ruta de donde esta el instalador del programa y lo ejecuta cuando pulsas el boton "instalacion". Me imagino que lo mismo podre hacer en linux no?

En realidad tenia varias preguntas:
1. ¿Como ejecuto la instalación, desinstalacion o por ejemplo abro un pdf desde java para linux?
2. ¿En qué ruta me recomendais crear una carpeta para guardar los scripts?

Gracias

SIn ams, alguien me podria decir como ejecutar un archivo .exe (en el caso de linux igual es otro), es como si tuviese que ejecutar un instalador.

En linux un .bat viene a ser un BASH.

Tu puedes hacer un bash y llamar a las classes

por ejemplo :

#!/bin/bash
cd /clases
java programa


dentro de /clases tenes el archivo programa.class.

Por otro lado puedes hacer desde java ejecutar comandos de linux, como por ejemplo :

String[] command = {"sh","-c",comando};
final Process process = Runtime.getRuntime().exec(command);

comando es cualquier comando linux que pones en consola ... yo que se..

rm *.txt
java programa
cualquier cosa...

Capas estos comentarios te sirvan para algo.

Eduardo