Java - SquidGuard desde JAVA

Estoy configurando el Squid y en especial el filtro del Squid que es el squidGuard lo configuro de una aplucacion que corre en jsp. Todo bien al menos creo ya que según la información que se guarda en la base de datos sobre los parametros que el Usuario desee conf. Cuando se desea configurar presenta la pantalla para ingresar los datos y cuando presiona el boton Aceptar esta Abre el archivo squidGuard.conf y lo escribe de acuerdo a la nueva configuración y listo llama a reconfigurar squid. Pero me sale un error de sintaxis en la linea uno. Lo he revisado y todo esta bien. Para hacerlo que funcione debo abrir el archivo con un editor (Kate) y borrar todo su contenido. lo guardo y reconfiguro el squid, me sale el error que que falta la linea por default acl, luego debo abrir el archivo ya vacio y copiarle lo mismo que le borre guardarlo y reconfigurar el squid y corre bien. No he podido hacerlo desde java que es lo que busco y dejarlo listo. Pero no se cual puede ser el error como que no se cierra completamente desde mi aplicación el archivo digo yo. Si alguien puede darme ideas de cual puede ser el problema o que estoy haciendo mal. Para escribir el archivo uso PrintWrite y tanmbien probe con BufferedOutputStream con su close() respectivo.

Bueno alguien sabe como limpiar un archivo cuando es abierto para escritura, esque investigue por ahi y me dicen que debo limpiar bien un archivo luego escribirlo y listo.