Java - jerarquia ventanas en java

Hola a todos! Estoy realizando un programa de aplicacion y mi problema es:
- Tengo un frame principal e internalframes configurados como un menu, y tengo las opciones de abrir ficheros (fc.showOpenDialog()) y para modificar datos (JOptionPane.showInputDialog)...mi problema es que si he abierto una de estas ventanas y minimizo el programa me quedan ocultas dando aspecto que el programa esta colgado, me gustaria saber si hay alguna manera de controlarlo o alguna manera de indicar la jerarquia para q estas ventanas me apareciesen las primeras...

No se si me explico muy bien...espero vuestras respuestas...

Un salud.Luis