Java - Crear fichero

Buenas tardes, mi problema es el siguiente:

Tengo una aplicacion en la cual aparecen varias listas desplegables y despues un boton "Ejecutar", es decir, segun el usuario escoga en las listas asi sera de distinto el Metodo que empleo al Ejecutar. Pues bien, yo recogo sus elecciones y dentro del Metodo "jButton_actionPerformed" creo el fichero que contiene la Clase Ejecutar, una vez cerrado el fichero en ese mismo metodo llamo a la funcion Ejecutar();

El problema es el siguiente, yo ejecuto el programa ahora y me crea un ejecutar.java con sus distintas opciones incluidas, hasta aqui todo bien, pero cuando vuelves a ejecutar el programa el metodo Ejecutar() empleado mantiene las opciones anteriores pese a que el fichero se ha cambiado por uno con otras opciones.

Para verlo mas claro

Ejecutar ()
{
int numero = "lo que recogi de la eleccion del usuario";
}

La primera vez que creo el fichero creo este:

Ejecutar()
{
int numero = 3;
}

Ahora ciero el programa y vuelvo a abrirlo, el usuario escoge en numero el 5, creo el fichero de nuevo
Ejecutar()
{
int numero = 5;
}
Pero el programa pese a que yo creo el fichero antes de la llamada al metodo, me sigue utilizando lo que creo por primera vez (numero = 3).

Alguna idea chicos¿?

Pd: lamento mi mala explicacion, pero es que no me se explicar muy bien.