Java - Escribir instrucciones a consola

Buen dia amigos:

Me encuentro haciendo una aplicacion en java que requiere que compile un archivo en tiempo de ejecucion desde la consola de linux, de hecho estoy trabajando con graphviz para linux y necesito compilar un archivo .dot que genero desde java pero no se como puedo escribir instrucciones de consola en java, me estoy mudando de C++ a Java por lo que soy un poco novato aqui, en C++ se hace con el comando System pero en java no se por lo que no se si podrian ayudarme un poquitin con alguna orientacion de como lo puedo hacer,

gracias y suerte,
Soul Savior

Hola:

Bueno... en java puedes usar la clase Runtime para tu trabajo.
Hechale un vistazo a la ayuda y fijate si cumple con tus necesidades.
http://java.sun.com/j2se/1.4.2/docs/api/java/lang/Runtime.html

Saludos