Java - Pasos a seguir

Necesito realizar un sistema de gestión (veterinaria) en algún lenguaje.
No incluirá ninguna conexión a internet (por el momento).

En un principio pensé realizarlo en Clarion, pero como me estoy inicializando en Java (y me empezó a gustar) quería ir practicando este lenguaje a medida que realizaba este trabajo para la facultad.

Ya tengo instalado el j2se sdk, Netbeans y un libro de java y ya he empezado a probar algunas cositas.

Mi problema principal es que no sé por donde empezar para realizar este trabajo, es decir, me gustaría saber que herramientas voy a necesitar y cada vez que me pongo a averiguar termino en una cadena interminable de temas nuevos:
¿Necesito saber algo de J2EE?
¿Persistencia de objetos?
¿Tengo que instalar algún servidor extra aparte del Tomcat ? (ya sé que a este último lo tengo instalado en el Netbeans)
¿Java viene con algún tipo de bases de datos para utilizar? ¿o sólo se puede realizar la conexión a través del JDBC? MYSQL quizás?

No pido que me expliquen en detalle, sólo necesito que me orienten el camino a seguir (después me las arreglo yo solita).

Desde ya muchas gracias.
Cecilia

Hola pues para inciar con el net bens es mas q suficiente para programar las interfaces y bueno java no trae un DB server, y si en efecto mysql es una excelente opcion y para conectarte tienes dos opciones el JDBC Bridge, creas un DSN y colocas

Class.forName("sun.jdbc.odbc.JdbcOdbcDriver");
Connection con = DriverManager.getConnection( "jdbc:odbc:TuDSN, "usuario", "password");

o descargate el J/Connector de MySQL, haces
Class.forName( "org.gjt.mm.mysql.Driver" ).newInstance();
connection = DriverManager.getConnection( "jdbc:mysql://url/db", "usuario","contraseña" )
El URl es de una aplicacion que estoy haciendo y esta compuesto por la direccion IP de tu srevidor de datos / nombre de la base de datos
try
{
Class.forName("sun.jdbc.odbc.JdbcOdbcDriver");
//Class.forName("org.gjt.mm.mysql.Driver").newInstance();


}
catch (ClassNotFoundException m)
{
System.out.println("error al cargar el controlador");
}

no es mucho pero espero haberte ayudado
saludos