Java - Escribir retorno de carro en archivos

Hola, he estado intentando escribir retornos de carro en archivos desde Java y aunque al final lo he conseguido me quedan unas dudas:
Cuando uso FileOutputStream para escribir una cadena de texto la voy pasando caracter a caracter a un número entero, cuando paso el retorno de carro solo me sale 10 (avance de línea) pero el 13 (retorno de carro), no me sale, así que he tenido que poner un if y cada vez que encontraba un 10 poner un 13 antes para solucionarlo, pero ahora he visto en esta url http://lawebdelprogramador.com/diccionario/buscar.php?cadena=retorno+de+carro&x=0&y=0 que en Unix solo hay avance de línea y en mac retorno de carro, mi pregunta es:
¿Si pongo el 13 antes del 10 mi aplicación es incompatible con estos dos sistemas operativos?
Otra pregunta que tengo es que hace cada uno (retorno de carro y salto de linea).
¿El retorno de carro es para indicar que se ha llegado al final de esa línea y el salto de línea que se puede escribir en la siguente línea?
Y la última es sobre los System.out.println() o cuando se pone un \n en un System.out.print() ¿solo es el retorno de carro o tiene tambien el salto de linea, o el salto de linea se hace en el proximo System.out.print?
Gracias por adelantado
Saludos

Usa

String finDeLinea = System.getProperty( ""line.separator");