Java - Seleccion de archivos

Hola, me gustaria saber que orden puedo poner para que al pulsar un boton me busque los archivos que han sido modificados dentro de una carpeta que tambien puede tener varios subdirectorios.es decir que vaya uno a uno comparando con los que tengo en la base de datos y si ha sido modificado que lo sustituya.Espero que se entienda.Muchas Gracias