Java - Cambiar valores matriz

Saludos compañeros, quiero cambiar los valores de una matriz en el siguiente codigo

class Principal ...
{
Principal()
{
LinkedList[][] m;
m=new LinkedList[100][100];
...
new Generar (....., m);
// aqui dicha matriz se ve modificada, con una
//dimension menor de 100, mas bien de 5 o 6
// pero aqui si mando imprimir m, sale todo valores
// nulos

}
}

Me podeis ayudar urgentemente porfavor???
Gracias.