Java - Problema con método destroy de la clase Process

Buenas, tengo el siguiente problema:

Ejecuto un script desde mi programa java. Concretamente el script es un ftp para descargarse un fichero.

Cuando se produce un cierto timeout y aún no ha terminado el proceso intento matarlo con el método destroy. Aparentemente va todo bien pero el ftp se sigue realizando.

Alguien puede decirme que paso me estoy saltando? Gracias y un saludo,
Kike

Cierra el stream que esta conectado al ftp.

Oscar.

Perdona Oscar pero no entiendo bien cuál es el strema que tengo que cerrar. Pongo el código para ver si aclaro mi pregunta:

En método ejecutaFtp:

proceso = Runtime.getRuntime().exec ("./scripts/ftp-download.sh");
proceso.waitFor();

En método muere (llamado cuando pasa un cierto timeout y no ha acabado):

proceso.destroy();

Ya para dar más datos os pongo un caso en el que funciona correctamente:

En método ejecutaFtp:

proceso = Runtime.getRuntime().exec ("ftp ftp://usuario:oassword@servidor/fichero.rar");
proceso.waitFor();

En método muere:

proceso.destroy();

El problema que tengo es que debería utilizar el script en mi programa.
Gracias!!