Java - Cerrar ventanas en una aplicacion

Os explico lo que quiero realizar:

Estoy implementando una aplicación en la cuál se abren diferentes ventanas, y en cuya ventana principal, la que cargo al inicio de la aplicación, tengo un MenuItem que me gustaría que cuando, clickeamos en él, cerrase todas las ventanas abiertas excepto la principal.

¿Hay alguna forma de ver cuáles son las que están abiertas mediante algún método?¿Como las podría cerrar?

No lo hay pero pudieras crear un ArrayList con todas las referencias a las ventana que abriste y luego iterar en ese ArrayList para cerrar todas las ventanas. El ArrayList lo vas poblando a medida que abres una ventana