Supongo que te refieres a limpiar tu pantalla en un programa escrito en java, pues puedes hacer un setVisible(false) a todos los componentes de tu panel, o removerlos.
getContentPane().removeAll();
Espero te sea de ayuda
SALUDOS Wilfredo Vargas Almendras
No, Wilfredo, creo que se refiere a una pantalla de DOS y no una ventana.
Hay un API para Java para manejar aplicaciones de consola o DOS pero no me acuerdo el nombre. Esta te permite limpiar la pantalla, poner el cursor donde lo desees, etc