Java - PROBLEMA REDES JAVA

Necesito Orientación: Estoy haciendo en java un gestor de proyectos web. El caso es que el programa estará en un servidor y los distintos desarrolladores contactarán con él para que les deje subir archivos a la dirección del proyecto web en particular. El programa debe comprobar si hay links externos, etiquetas (perl,javascript...) el tipo de archivos y su peso. Bueno mi idea es que el programa importe los archivos a su directorio local en el servidor, los revise y los mande el mismo al destino por ftp (esto puedo solucionarlo con un cliente ftp)
preguntas:
¿Se os ocurre otro sistema más rápido?
¿Otro sin menos vueltas?
¿otro?
De hacerlo así, ¿como hago para subir archivos al servidor? ¿ tb ftp?
GRACIS Y PERDÓN POR LA LONGITUD

Deberias de probar STartTeam de Borland, maneja muy bien los proyectos y el desarrollo en grupo; deberias revisarlo para tomar ideas.