Java - Crear variables de entorno permanentes

Muy buenas!
Mi duda de hoy es la siguiente:
Cómo puedo crear desde mi programa variables de entorno permanentes? Desde programa hago algo parecido a la instalación de otro programilla, y necesito crear una variable para que funcione el mismo.
-Se me ocurrió hacer algo así como
Runtime.getRuntime.exec("cmd /C SET variable='c:\direccion'");
pero esto solo crea la variable para esa sesión, no permanentemente.

No lo probado pero puedes usar el System.getPropery asi :
String anterior = System.setProperty("application.property", "newValue");