Java - correr JAR en JavaVM en Linux

Hola chicos. Soy nuevo en Java, pero eso si, leyendo y aprendiendo para no molestar mas de lo necesario. Pero tengo una duda, yo tengo Java 2SE +Netbeans 3.6 tanto para Windows como para Linux pero quisiera saber : si yo diseño un programa en Java bajo windows y luego lo paso a LInux, las maquinas virtuales de ambos sistemas me permiten correr el programa de forma transparente? estoy diseñando un sistema que trabaja por TCP entre sistemas windows y linux, pero tengo dudas respecto a esto de la JVM. Gracias por su atencion.

En teoria deberia funcionar. Acuerdate que uno de los puntos fuertes de java es "Write Once, Run Everywhere", Lo que deberias tener en cuenta es los caracteres de especiales en los nombre de los archivos, los caracteres de fin de linea y return, las maysuculas en los nombres de los archivos, en general, el manejo del filesystem.

Bien! jaja habia olvidado lo de write once, run everywhere....mucha razon en eso. Gracias!!! ahora solo me queda saber como ejecutar la JVM en linux como Daemon(TSR) asi como funciona (En teoria como TSR) bajo WIndows (aunque se que corre como un servicio). Gracias!!!! Ahora me voy al foro Linux para averiguar esto.