Java - firmar documentos

Agradeceria si alguien puede darme una indicacíon de lo que debo hacer para poder firmar ficheros que envio a un servidor seguro.
Es decir, tengo que hacer una aplicacion que tras un formulario y una seleccion de ficheros tenga un boton para firmar los datos y se envien despues.
Se como recoger el certificado del cliente pero no se como firmar con la clave privada de ese certificado.
Si alguien puede ayudarme se lo agradeceria muchisimo.