Java - Problema con hilos

Hola. Mi problema es que lanzo dos hilos, ambos escriben en un fichero de log, pero cuando termina el último hilo de ejecutarse borra el fichero de log. He probrado a hacer que cada hilo cree su fichero de log, pero siempre que acaba el último hilo me borra todos los log. ¿Sabe alguién a qué se debe o qué tengo que hacer para que esto no ocurra?