Java - accesando una BD en windows desde Linux

Hola compañeros, tengo un servidor Web con Apache y Linux Ret Hat 8 y quiero hacer una aplicacion que se conecte con una BD en un servidor SQL Windows. No se como hacerlo, podría alguien ayudarme

asumiento que te quieres comunicar desde una aplicacion en Java(ya que de esto se trata el foro) puedes usar JDBC.
Aqui tienes un tutoria
http://developer.java.sun.com/developer/onlineTraining/Database/JDBC20Intro/

Saludos
Oscar