Crea el JList usando un constructor que tiene un parametro ListModel. Le pasas como parametro, por ejemplo, un DefaultListModel. Luego puedes añadir y borrar elementos del DefaultListModel y se refrescara solo en la lista. Mas o menos
DefaultListModel modelo = new DefaultListModel();
JList lista = new JList (modelo);
...
modelo.addElement (unElemento);
modelo.removeElementAt (3);
etc.