Java - Insertar registros en BBDD

Buenas tardes.

¿Cuál creen que es la mejor manera de realizar la importación de un fichero que contiene miles de registros en una base de datos?

Opción 1: leer línea a línea e insertar a medida que voy leyendo.
Opción 2: leer todo el fichero y generar una inserción en masa de todos los registros.

Saludos.

Dependerá del SGBD que vayas a usar (y de las capacidades de su driver jdbc). Perro en general, una inserción en masa será más eficaz, aunque deberás tener en cuenta que en cuanto falle la inserción de un registro seguramente se anulará todo.