Crea un fichero jar a partir de tu programa en java, y asi ya no se muestra la ventanita de MS-dos . No es exactamente lo que pides....pero es como lo haria yo. (NOTA: los jar se ejecutan con javaw)
javaw es identico a java, excepto que con javaw no muestra una ventana de consola (MS-DOs) asociada. Si quieres mas informacion sobre esto, consulta la pagina:
\docs\tooldocs\win32\java.html
de la API de java