Java - Programa que escribe programas

Hola, estoy trabajando en un programa diseñado para tener la capacidad de reconocer protocolos a travez de autómatas, mi interés principal esta en ingresar el protocolo por una entrada de texto y que genere una clase que sea capaz de procesar cualquier cadena de texto e indicar si cumple con el protocolo, no tengo problema con crear el documento ni con compilarlo desde el programa en ejecución, lo que no puedo es escribir sobre el documento en java que creo para hacer la clase.... aluna ayuda????

A ver si lo entendí bien.

¿quieres un programa que le metas X y el te genere un java, te lo compile y lo empiece a usar como si fuese su código?

Exacto, técnicamente el código se ira adaptando y alterando a si mismo para reconocer todos los protocolos que se le introduzcan

pues que yo sepa, o por lo menos hasta donde mis conocimientos llegan, no es posible hacer que la aplicación genere el java, lo compile y lo use.
Si los protocolos son parecidos o tienen una base similar puedes hacer que el programa se comporte dependiendo de una entrada, es lo máximo que te puedo ayudar.

Si consigues averiguar lo que dices, por favor ponlo por aquí que me interesaría.

Pues lograr compilar y usar un código dentro de un programa en java ya lo logre, lo que aun no logro es escribir el nuevo programa en java desde el programa que analiza los protocolos, dame tu correo y puedo mostrarte mis avances.. :3

En principio no tienes por qué escribir el código fuente en ningún fichero (si es a eso a lo que te refieres).
Echa un ojo a la documentación de javax.tools.JavaCompiler.

En otro caso ¿ Qué significa que no puedes "escribir sobre el documento en java" ?