Java - Ayuda con nombres de archivos .class

Hola, antes que nada, quiero decir que yo no sé programar en java más que un "hola mundo", sin embargo hablo aquí ya que seguramente me podáis solucionar un problema que tengo.

Estoy intentando traducir un programa java al español, es un proyecto personal sobre un programa muy simple hecho ya hace unos 8 años. Para ello abro el programa con winrar, extraigo los archivos *.class y con un programa (In Class Translator) los abro, edito los textos, y los guardo. Hasta aquí todo corecto. El problema es que en el programa hay varios Class con el mismo nombre, pero uno en mayúsculas y otro en minúsculas (por ejemplo: a.class y A.class), y cuando intento poner en una carpeta estos dos archivos, los trat como si fuera el mismo y me pide sobreescribir. He probado a sacar uno, editarlo, y guardarlo de nuevo en el programa, pero siempre lo guarda como si fuera minúscula (p ej.: extraigo A.class, lo edito, lo intento meter al programa con el WinRAR, y tras meterlo, veo que el archivo que ha sobreescrito es a.class en vez de A.class).

Por eso vengo a preguntar aquí, ¿¿porqué si el programa es cpaz de tener dos archivos diferentes con el "mismo" nombre, yo no soy capaz de tenerlos en una carpeta ambos??

Muchas gracias por adelantado.

Para window$ a.class y A.class son el mismo fichero. Tendrás que hacerlo en algún equipo con Unix/Linux, que sí distingue mayúsculas y minúsculas en los nombres de archivo.