Java - Ejecutar archivos msi guardados dentro del proyecto

Pues tengo un gran problema, y he intentado de todo; les cuento estoy trabajando en un proyecto en Java y pense en copiar dentro del proyecto el instalador de mysql para ejecutar el fichero mysql instaler.msi desde java pues cuando lo corro todo funciona perfectamente:

try {
Runtime rf = Runtime.getRuntime();
Process pf = rf.exec("msiexec /i \""+ directorio + "\"");
} catch(Exception e) {
JOptionPane.showMessageDialog(null,"Hubo un error al ejecutar el archivo msi: "+e.getMessage());
}

bueno el problema se genera cuando hago el ejecutable .jar probe a crearlo en Netbeans y ni si quiera me lo creaba me tiraba muchos errores, y me tome la molestia de pasarlo todo a Eclipse y me creo perfectamente el archivo .jar y todo corre bien pero cuando intento correr el instalador no lo inicia, tampoco tira ningun error.

No se; quisiera especular que al crear el archivo .jar el fichero mysql instaler.msi se empaqueta y luego no puede ser llamado, me agradeceria mucho algun comentario.

De antemano, Gracias.

HOla,
Trata de que al crar el jar los recursos queden afuera del folder, eso está en una opcion de Eclipse cuando se genera el jar. Lo otro es crear al mismo nivel del jar una carpeta por ejemplo resource y utilizas una ruta relativa para buscar la carpeta y el instalador. Que tal la idea?? sería como:

C:\
---proyecto
|____Ejecutable.jar
|____resource
|____instalador.msi

Saludos