Java - Mi aplicación no siempre carga las imágenes

Hola y gracias de antemano a todo el que me pueda ayudar. Mi situación es la siguiente. Desarrollé una pequeña aplicación en java utilizando Eclipse como IDE, la exporté y cuando la ejecuto funciona correctamente y me carga todas las imágenes que están definidas dentro de los directorios de la aplicación.

Hasta aquí todo perfecto, el problema radica en que mi aplicación realiza una entrada al registro de la siguiente manera "reg add HKEY_CURRENT_USER\\Software\\Microsoft\\Windows\\CurrentVersion\\Run ..." para que se inicie automáticamente junto con la sesión de windows y esto funciona correctamente puesto que al iniciar sesión también se inicia mi aplicación pero entonces no carga las imágenes definidas dentro de los directorios.

Es decir, cuando yo lanzo manualmente la aplicación me carga las imágenes, pero cuando se hace automáticamente no. No sé si deba hacer alguna otra entrada al registro o si debería configurar algo en las opciones del projecto antes de exportarlo. También las carpetas con las imágenes las debo copiar manualmente a donde tengo mi aplicación exportada ya que Eclipse no lo hace automáticamente. En fin agradezcon mucho cualquier ayuda o comentario que puedan darme.

Hola Alberto,
No se si puede ayudarte lo que te voy a decir pero nunca he hecho lo que haces. por que no guardas "solo como prueba" las imagenes en C:/images solo como ejemplo. Y cuando cargues las imagenes, utilices rutas absolutas "new Image("C:/image/foto.jpg"). Es que parece como si el SO moviera el ejecutable a algún lado y no las carpetas que contienen los recursos.
Solo por aprender, cuando dices que el programa realiza una entrada al registro, esto lo hace en el codigo??
No se si será lo mismo, pero en linux para que una aplicación inicie cuando se inicia la session se apunta desde el setup como servicio y se deja un Script en el init.d para que este inicie o pare la aplicación sin necesidad del codigo en la aplicación.
Saludos,

Gracias por contestar, ya resolví el problema. El caso es que por alguna razón cuando se autoiniciaba se ejecutaba en C:\\windows\System32 y por eso no podía encontrar las imágenes con las rutas relativas. Agregué otra entrada al registro con la dirección de mi aplicación y listo.