Java - Programa con herencia, almacenar en ficheros y leer los datos

Hola tengo un problema, adjunto mi programa, querria saber como puedo guardar en ficheros los empleados, y como poder leerlos, para poder hacer la nóminas por ejemplo. Tengo el programa hecho con arraylist y linkedlist, les paso el de linkedlist que me parece mejor. Y por otro lado si tienen sugerencias sobre como esta estructurado y demás se lo agradeciría. Gracias de antemano.https://mega.co.nz/#!GQ1hRRLT!MPSMWQLgjTrpWbxcrqWoLlu4zGQ3so-Drdkub7afU4w

Bueno, el programa no se deja descargar pero te voy a dar una clase de mucha ayuda para leer y guardar archivos en java. http://pastebin.com/2yb8Xmkh
saludos,

https://mega.co.nz/#!GQ1hRRLT!MPSMWQLgjTrpWbxcrqWoLlu4zGQ3so-Drdkub7afU4w

Perdon no se que paso este creo que va.

https://mega.co.nz/#!eV0SASYI!GWndEmiZNPgpibRZEUxPLW03qtclTGNadAYOhBMbYvA

Aqui esta la solucion como lo conseguí, con un array normal no sabia como hacerlo ya que no tiene la propiedad size().
Si alguien puede corregirme si se podría hacer mejor se lo agradecería. Gracias y un Saludo