Java - Problema al reemplazar el carácter \n al leer desde la consola

Hola:

Tengo el siguiente problema:
Quiero reemplazar en el String "1,2\n3,4\n5" el carácter "\n" por coma ",".
El String es el argumento del método add y lo reemplazaría dentro de este método.
Para ello utilizo el método de la clase String replace("\n",","). Si introduzco el String desde el método main, escribiendo los caracteres que forman el String en el programa, por ejemplo:
System.out.println("Resultado"+add("1,2\n3,4\n5"))
El método replace funciona correctamente, pero si el String lo introduzco desde la consola, es decir:
java Programa "1,2\n3,4\n5"
No funciona replace, no reemplaza "\n" por la coma ",". También he probado el método de la clase Stirng replaceAll("\n",",") y tampoco funciona. Lo he intentado de muchas maneras pero no he dado con la solución.
¿Podéis ayudarme?

Muchas gracias.

Hola:

Al final lo he hecho así:
num=num.replace("\\","");
num=num.replace("n",",");
Así primero reemplazo primero \ y luego la n. No sé por qué al leer desde la consola un String el símbolo \n no lo considera un Intro sino dos caracteres independientes.

Un saludo y gracias.