Java - Manual de desarrollo

Hola... necesito saber si alguien conoce algun manual para poder hacer el desarrollo de un software que interactue con el Sistema Operativo (Windows), vale decir, que pueda modificar archivos del mismo e intruir comandos para que se ejecuten dentro del S.O.

Espero que alguien pueda ayudarme.

NOTA: No es problema si es un manual o guia de programacion avanzada, ya que yo estudio ing. en informatica y me manejo con POO...

De ante mano muchas gracias.