Java - problema arreglo

Hola tengo un arreglo de 100 posiciones pero al llenarlo no se llena todo y cuando lo voy a organizar me salen problemas ¿Como puedo hacer para que organice e imprima solo la parte que esta llena?

Hola. Creo que seria de gran ayuda que coloques el codigo que estas utilizando para ver donde esta el problema

ahi va el codigo
public class Santaclause {


public static void main(String[] args) throws Exception {
String sCadena;
int a[]= new int [100];
int y=0;
int num,i,j,x;
String pal;
BufferedReader bf = new BufferedReader(new InputStreamReader(System.in));
while (!(sCadena =bf.readLine()).equals ("")) {

pal= sCadena;
num= Integer.parseInt(pal);
a[y]= num;
y++;
}

for (i=0; i<=y+1;i++){
x = a[i];
j = i - 1;
while ((j>-1) && (a[j]>x)) {
a[j+1] = a[j];
j = j - 1;
}
a[j+1] = x;
}


for (y=0; y<=y+1; y++)
System.out.println(a[y]);
}

}